五南官網-智慧財產權訴訟實戰

法律-實務叢書-訴訟實戰系列
智慧財產權訴訟實戰

作　　者：陳群顯
出版社別：五南
出版日期：2014/03/21(2版1刷)
ＩＳＢＮ：978-957-11-7537-9
書　　號：1SA4
頁　　數：836
開　　數：20K
定　　價：800元
優惠價格：720元

　　智慧財產權係以人類智慧經驗累積，並由國家法律賦予創設之新類型權利，故而國家為保障人力智慧經驗累積之成果，在符合一定法律要件之前提下，即賦予相當權能之保護，以利社會交易秩序之穩定以及鼓勵研發創新，而智慧財產權訴訟即係實踐前開權利保護之司法程序，無論就權利人之權利行使，或就被控侵權人之抗辯提出，均有充分瞭解智慧財產權訴訟之實體法令與程序規定之必要。
　　關於智慧財產權的保護，也因為其與一般財產權的特性有諸多不同，為此，我國於2008年7月1日起將智慧財產權之訴訟從普通法院及一般訴訟程序中抽離，同時提供一強化保護智慧財產權之專業法院以及特殊訴訟制度，本書突破以往書籍僅限於理論與法條介紹之不足，依據智慧財產權訴訟之類型，進行實體法令解說、必備書狀要旨與範例介紹、輔以實務判解摘錄，以期深入淺出並以實例說明智慧財產權訴訟之精要，使讀者得以充分理解與運用智慧財產權訴訟以保障其權益。

陳群顯

現職
‧瑞智法律事務所主持律師∕專利師

學歷
‧清華大學電機學士
‧東吳大學法學碩士
‧美國加州大學洛杉磯分校法學碩士
‧交通大學科技管理研究所科技法律組博士

經歷
‧「全世界專利、工業設計及商標申請制度專業手冊大全」（Manual for the Handling of Applications for Patents, Designs and Trademarks throughout the World; The Brown Book）－臺灣地區「專利及商標之讓與、授權、侵權處理及實施制度」主編
‧國立智慧財產培訓學院講師
‧台灣大學、台灣科技大學、台北科技大學、中華民國專利師公會「專利訴訟」、「專利實務課程」、「智慧財產案件審理法」、「智慧財產權契約」、「專利侵害鑑定理論」、「專利侵害處理策略」等課程講座

著作
‧電子簽章法草案之淺析（全國律師）
‧關於專利侵權保全程序的幾點看法—兼論美國法與臺灣法下對保序程式之異同；智慧財產法院的設立對專利訴訟之影響—以專利侵權訴訟中被告提出專利權無效之抗辯為中心（全國科技法律研討會）
‧專利行政訴訟之實證研究—以課予義務訴訟為中心；專利行政訴訟上訴實務之實證研究—由最高行政法院判決之發回理由觀之（合著）（全國法學實證研究研討會）
‧我國智慧財產訴訟中專利權無效抗辯趨勢報導；美國、台灣與中國大陸之專利侵權損害賠償實證研究（合著）（科技法律評論）
‧Explaining Different Enforcement Rates of Intellectual Property Protection in the United States, Taiwan, and the People’s Republic of China, 10 TUL. J. TECH. & INTELL. PROP. 211 (2007).
‧All change for IP protection, Managing Intellectual Property 73 (October 2008)
‧Better Claim Drafting and Successful Protection in Taiwan IP Court, Asia IP 38 (March 2011)

緒論　論智慧財產權
智慧財產權係一以人類智慧經驗累積，並由國家法律賦予創設之新類型權利，由於此一權利與傳統債權、物權、親屬權、繼承權性質上均有不同，復由於工業化之演變與需求，相關人類產業活動已由單純人力密集、資本密集產業，轉變為技術密集、知識密集之社會型態，因此國家有必要針對以人類智慧經驗累積之成果，與符合一定法律要件之前提下，賦予相當權能之保護，以利社會交易秩序之穩定以及鼓勵研發創新，增進社會國家之福祉。
一、智慧財產權法之範圍
智慧財產權所涵蓋之範圍，依據國際條約之規範如下：
依據1967年「成立世界智慧財產權組織公約」（Convention Establishing the World Intellectual Property）的規定，「智慧財產權」包含與下列事項有關的權利：
1.	文學、藝術及科學之著作
2.	演藝人員之演出、錄音物以及廣播
3.	人類之任何發明
4.	科學上之發現
5.	產業上之新型及新式樣
6.	製造標章、商業標章及服務標章，以及商業名稱與營業標記
7.	不正競爭之防止
8.	在產業、科學、文學及藝術領域中，由精神活動所產生之權利

另依據1994年所簽署之「與貿易有關之智慧財產權協議」（TRIPS），被列入規範的有：
1.	著作權及相關權利
2.	商標
3.	產地標示
4.	工業設計
5.	專利
6.	積體電路之電路布局
7.	未公開資訊之保護
8.	對授權契約中違反競爭行為之管理
依據上述國際條約對於智慧財產權之界定，可以清楚發現，智慧財產權之領域，除典型保護「人類運用精神力所創作之成果」，更已擴及「產業之正當競爭秩序」之保障。

值得注意的是，由於智慧財產權係由一國國內法律所創設，並於該國司法管轄權之範圍內予以保護，因此具有強烈的屬地主義。亦即相同之研發創新，必須藉由各國國內法律分別創設保護，於該國受侵害時，復需依據各該國法律之規定於該國有權管轄之法院予以訴追執行。因而，於我國進行智慧財產權訴訟，實有必要理解依據在不同領域劃分下，我國智慧財產權之種類及其權利來源。而依據現行有效之法律，智慧財產權於我國可分為：
1.	專利權：係經由專利法創設並保護之權利。
2.	商標權：係經由商標法所創設並保護之權利。
3.	著作權：係經由著作權法所創設並保護之權利。
4.	光碟衍生之相關權益：係經由光碟管理條例所保護之相關權益。
5.	積體電路布局權：係經由積體電路電路布局保護法所創設之權利。
6.	營業秘密：係指依據營業秘密保護法所保護之權益。
7.	植物新品種：係指由植物品種及種苗法所創設之權利。
8.	公平交易法所保護之智慧財產權益：係指依據公平交易法所保護與智慧財產權相關之權益。
我國於2008年7月1日所正式成立之智慧財產法院，即係為了保障前揭法律所創設及保護之智慧財產權，藉由「智慧財產案件審理法」中強化的訴訟規定與制度，以妥適處理智慧財產案件所創設之專業法院。該專業法院成立之目的在於促進國家科技與經濟發展，依據「智慧財產法院組織法」第3條之規定，該法院所管轄之案件包含有依據前述各該法律所涉及之民事訴訟案件、刑事訴訟案件以及行政訴訟案件。
二、智慧財產權之特性
智慧財產權所保護之客體並非有形存在之物體，而係人類經驗累積之抽象精神創作，因此，又被稱為「無體財產權」，此外，智慧財產權亦同時具有「人格權」與「財產權」，二者伴隨相生。因此，智慧財產權與一般財產權之不同即在於一、具有人格權；二、保護客體係無形物。
（一）人格權
關於智慧財產權之「人格權」，係基於人類精神創作所特別賦予之權利，因此必須與該精神有人格關連性之創作人始能享有，除有法律特別規定之情形外，原則上人格權不得讓與，該人格權主要適用於表彰該創作者之姓名表示與相關人格權益，相較於民法一般人格權，係屬於特別規定，應優先適用，因此於智慧財產相關法律所未規範者，民法仍有補充適用之餘地。
（二）財產權—屬於無體財產權
關於智慧財產權之「財產權」，除其可以為一般財產權之處分收益外，於受侵害時，通常亦可有下列二大類之請求權：一、損害賠償請求權；二、排除侵害請求權，此一請求權通常依據侵害之程度可細分為已發生侵害之「侵害排除請求權」、有侵害之虞之「侵害防止請求權」。
（三）保障正當競爭秩序
相較於以法律賦予權利之智慧財產權，尚有部分係與智慧財產相關之權益，仍有保護之必要，例如公平交易法所保護與智慧財產相關之權益、營業秘密等，其目的在於保障正當之競爭秩序。
三、智慧財產權之發展與需求
智慧財產權隨著人類經濟活動之演變與發展，前揭相關法律明訂的智慧財產權法律將不足以充分保護所有新形態的人力精神創作，因此越來越多新形態的精神創作將會有需要訂立新的法律來予以保障之必要，例如網域名稱、地理標示、傳統文化等，然而，一個國家是否需要保護特定精神創作，尚須要考慮到一國的經濟發展策略，以及與國際間條約的調和。
此外，關於智慧財產權的保護，也因為其與一般財產權的特性有諸多不同，例如涉及科技專業協助、涉及產品生命週期短暫、涉及營業秘密之保護等，因此，其訴訟程序相較於一般訴訟程序也有予以調整、強化之必要，為此，我國於2008年7月1日正式施行的「智慧財產法院組織法」以及「智慧財產案件審理法」，將智慧財產權之訴訟從普通法院及一般訴訟程序中抽離，同時提供一強化保護智慧財產權之專業法院以及特殊訴訟制度，以避免普通法院依據一般訴訟程序於審理智慧財產訴訟時所面臨之困境與不足。
第一章　智慧財產權訴訟之介紹
第一節　前言
我國已於2008年7月1日正式成立「智慧財產法院」，而該法院之設立對於我國智慧財產案件之爭訟將產生巨大而直接之影響，而攸關該法院成敗之主要關鍵─「智慧財產法院組織法」及「智慧財產案件審理法」等二法案，其中「智慧財產案件審理法」業已於2007年3月9日經立法院三讀通過、2007年3月28日制定公布（以下亦簡稱為「審理法」），而「智慧財產法院組織法」亦已於2007年3月5日經立法院三讀通過、2007年3月28日制定公布（以下亦簡稱為「組織法」），而二法案均已於2008年7月1日正式施行。易言之，日後所有智慧財產權之爭訟，將會優先於「智慧財產法院」並以「智慧財產案件審理法」作為審理訴訟程序之依據，因此我們有必要於本章先逐一瞭解以往舊制訴訟程序之缺失以更能瞭解新制度所提出之解決方案，同時再輔以介紹智慧財產法院之相關運作規定，並逐一介紹前揭「智慧財產案件審理法」之重要規定，以協助讀者瞭解目前我國智慧財產權訴訟應注意之事項，同時作為閱讀後續個別智慧財產權訴訟（如專利訴訟、商標訴訟以及著作權訴訟）章節之基礎。
一、現行制度之缺失與新法的回應
（一）關於智慧財產權「有效性」問題
在智慧財產法院成立前，我國智慧財產權訴訟採嚴格公私法二元體制，亦即民事法院對於據以提起訴訟之智慧財產權之有效性不得逕為認定與判斷，當事人如有爭執，必須循行政救濟之管道，向經濟部智慧財產局提起專利舉發案、商標評定案或廢止案，同時循訴願、行政訴訟之方式確認該智慧財產權之有效性。換言之，智慧財產權訴訟中，如涉及智慧財產權有效性之爭執，將會同時有民事訴訟與行政訴訟於不同法院依據不同訴訟法律之規定同時並進。
此一方式固然充分尊重智慧財產局授予智慧財產權行政處分之效力，但是對於民事法院之審理，將會實質於審理程序構成障礙。蓋智慧財產權之有效性係為原告得以合法提起民事訴訟之前提要件，如該行政處分有應撤銷之原因，且被告於民事訴訟中強烈爭執，法院如不予審酌該重要之防禦方法逕予作成對被告不利之判決，倘日後該智慧財產權果遭行政救濟之程序認定應由智慧財產局撤銷權利之授予，則對於已受不利民事判決之被告恐需再為特別救濟程序予以救濟，不僅造成司法資源無端消耗、更徒增人民對於司法之不信賴，同時對於司法尋求真實發現亦無助益。
為此，智慧財產權相關實體法中之專利法舊法第90條第1項（舊法第108條、舊法129條第1項準用）（按：102年1月1日施行之專利法【下稱現行法】已將前揭條文刪除）、商標法舊法第49條（舊法第56、80條準用）（按：101年7月1日施行之商標法【下稱現行法】已將前揭條文刪除）、植物品種及種苗法第42條，或訴訟法中民事訴訟法第182條第2項及行政訴訟法第12條均有規定，法院於此前提事項尚有爭執之情形下，裁定「停止審判程序」，以等待智慧財產權之有效性於行政救濟程序確定，始得繼續進行民事訴訟。
此一方式或許具有「權利有效性判斷」較為嚴謹之優點，但卻可能因為權利有效性之行政救濟期間之冗長、被告策略性反覆提出權利有效性行政救濟等原因，反造成民事侵權之救濟程序期間因停止審判程序遲遲無法有效進行，故而形成智慧財產權人行使權利之障礙，以及當事人無法獲得即時有效之司法救濟之弊病，此亦為外國智慧財產權人批評我國智慧財產權保護制度無效率的理由之一。為此，智慧財產法院成立後，得依據審理法第16條及第17條之配套規定（詳參後述法令解說），逕予判斷智慧財產權之有效性，以大幅增進智慧財產民事訴訟之審理效率。
（二）關於訴訟程序「停止審判」問題
由於智慧財產法院成立前，法院常因訴訟當事人提起智慧財產權之有效性抗辯，在未予審酌案件實體之情形下即依據相關法令裁定「停止訴訟」，可以想見「停止審判」之裁定將使得智慧財產權之民事訴訟於提起後懸而不決，造成智慧財產權人及被指控侵權者之長期困擾，對於生命週期短暫之智慧財產權商品將造成於製造、銷售時之重大障礙。
有鑑於此，於智慧財產法院成立後，依據智慧財產案件審理法第16條第1項之規定，民事法院對於被告所提出智慧財產權之有效性抗辯應自為判斷，且不得適用民事訴訟法、行政訴訟法、商標法、專利法、植物品種及種苗法或其他法律有關停止訴訟程序之規定，以求有效解決以往該等裁定所造成訴訟延滯之問題。
（三）關於「鑑定」問題
由於智慧財產權常涉及專業技術問題，於智慧財產法院成立前，普通法院之法官對於法律以外之技術專業較為欠缺，無法充分掌握，多以送請專業機構「鑑定」之方式以補法官之不足，為此司法院亦會同行政院指定了50餘所專業機構協助專利侵害之鑑定（參司法院網址http://www.judicial.gov.tw/work/work01/work01-35.asp），然而，由於鑑定機構所作成之鑑定報告書面繁簡及表達充分與否各有不同，實務上常造成法院在無從發現鑑定報告實質內容是否有瑕疵之情形下，逕予採納鑑定結論，此等過度依賴鑑定報告結論之情形，將不免造成鑑定機關之判斷大幅取代法院判斷之現象，無助於優化法院認定事實、適用法律之真實發現過程，且將可能造成人民對於法院審理案件之不信賴。蓋鑑定機關所提供之鑑定服務應屬協助針對技術問題的專家諮詢意見，至於如何適用法律以及適用之結果是否構成法律上之侵權行為，仍須由法院參酌鑑定之技術意見後，依法判斷之，倘全然依據鑑定結論來認定侵權與否，並非妥適。
智慧財產法院成立後，為有效解決法官之相關技術諮詢資源之不足，已設有各技術領域之技術審查官，以供法官於審理案件時依據審理法第4條指定技術審查官協助審理案件（詳參後述法令解說），如此一來，將可於一定程度下解決以往法院過度依賴「鑑定」結論所造成之問題。
（四）關於原告「舉證」問題
於智慧財產法院成立前，權利人於提起民事侵權訴訟時，囿於民事訴訟程序中缺乏有效命對造「證據開示」之制度設計，遇到當事人拒絕提出證據之情形，法院並無強制處分權，導致如果證明侵權所需之相關重要證據、文書均掌握在對造控制範圍之情形下，權利人將因無法充分舉證證明侵權行為之成立，不僅導致訴訟無法有效率進行，甚至可能權利人所提出之訴訟亦將遭法院予以駁回。
智慧財產法院成立後，智慧財產權人對於重要攻擊防禦方法所需之證據、文書倘掌握在對造手中，將得依據審理法第10條之規定，聲請法院命其提出，並於必要時，得由法院以裁定命為強制處分（詳參後述法令解說），以促使當事人協助法院為適正之裁判。
（五）關於訴訟程序「時間冗長」問題
由於智慧財產法院成立前，智慧財產權訴訟遭遇到前述「法院不得審酌有關智慧財產權之有效性抗辯」、「法院通常於訴訟中裁定停止訴訟」、「法院過度依賴鑑定結果」、「原告舉證困難」等問題，導致訴訟進行之效率嚴重受到延滯，在進入案件實體審理前，當事人與法院必須耗費諸多時間在解決前揭程序上之問題，即便進入實體審查也常常無法有效調查與辯論，因而導致許多智慧財產權訴訟審理時間過於冗長，此即為我國成立智慧財產法院之目的，希望能有效提升法院審理效率，使得訴訟當事人可以儘速解決紛爭。
（六）關於「保全程序」問題
於智慧財產法院成立前，智慧財產權訴訟之保全程序係由各地方法院之民事執行處審理，基於保全處分之迅速性、機密性及非本案化等特點，許多保全處分之相對人在無法充分陳述意見之情形下受到相關不利之裁定，對於產業競爭秩序造成重大影響，實有必要嚴格規範定暫時狀態處分等保全程序之聲請要件，避免人民之財產權受到不當之限制（詳參後述法令解說）。
（七）關於攻擊防禦方法涉及「營業秘密」問題
智慧財產訴訟審理過程中，當事人所提出之攻擊防禦方法，倘涉及「營業秘密」而需要特別予以保護，然由於法院係採公開審理程序，且提出攻擊防禦方法的一方與對造間通常是商業上競爭對手，一旦一方之「營業秘密」為對造知悉，恐有不公，然如因此不於訴訟程序中提出該重要之攻擊防禦方法，對於發現真實之法院審理程序亦有重大障礙。
為此，智慧財產法院成立後，提出「營業秘密」之一方得依據審理法第9條向法院聲請不公開審理或限制對訴訟資料之閱覽、抄錄或攝影，如有必要，亦可依據審理法第11條向法院請求對訴訟關係人發出「秘密保持命令」，以確保提出之訴訟資料能保有機密性，並促進訴訟程序之有效進行（詳參後述法令解說）。
二、智慧財產法院之介紹
由於近年來因科技不斷推陳創新所衍生之智慧財產權保護，逐漸成為各國在推動經濟發展與貿易自由化過程中日益重視之課題，甚至被認為是一國國家競爭力之重要指標，而智慧財產權競爭所帶來之商機與巨大經濟利益，伴隨而來的是智慧財產權之相關糾紛層出不窮，由於各國之訴訟程序規定、訴訟成本不一，不僅糾紛解決之時間、訴訟解決之費用難以預期、甚至訴訟結果亦難為當事人所預期，已有先進國家將該等訴訟程序之障礙視為貿易障礙。
為此，當有必要藉由加入國際組織，簽訂國際條約，使各國智慧財產權之相關法律規範在實體上或程序上能夠具有一定程度之共同性及一致性，以增進當事人對於智慧財產權保護之信賴感。然而法律規範之實踐，最後仍有賴司法機關作為最後之仲裁者與執行者。為此，我國實有致力於智慧財產保護與相關訴訟制度之強化與調整之必要，主要的方向有二：其一為加入國際組織；其二為成立智慧財產法院。
在與國際接軌部分，我國自2002年1月1日加入世界貿易組織（World Trade Organization, WTO），成為該組織第144個會員國，當然必須受到世界貿易組織協定中之一附件─即「與貿易有關之智慧財產權協定」（Agreement on Trade-Related Aspects of Intellectual Property Rights, TRIPS）之拘束。因而，為能符合TRIPS之相關規定，實有必要全面檢視我國對於智慧財產權之相關法律規範，而事實上，早在正式加入WTO之前，我國已陸續著手修正智慧財產權之相關法律，使得我國相關智慧財產之法律規範基本上已符合世界主要條約或協定之標準。為因應近年來國際上保護智慧財產權之浪潮，並提昇我國司法機關處理智慧財產案件之專業性及效率，我國更設立智慧財產專業法院以達上開目的。
我國於2008年7月1日起，依據「智慧財產法院組織法」之規定，正式成立智慧財產法院，該法院成立之目的在於：
‧避免民、刑事案件停止訴訟之延滯，加速解決訴訟紛爭
‧累積審理智慧財產案件之經驗，達成法官專業化需求
‧促進國家經濟發展
以下即針對「智慧財產法院」之相關組織、受理案件及審判體系逐一介紹，以利瞭解智慧財產法院之全貌：
（一）法院所在地
智慧財產法院，設立於新北市板橋區縣民大道二段七號三至五樓（下方為板橋車站，即高鐵、台鐵、捷運共構大樓），由於該法院管轄之智慧財產案件之當事人遍布於全國，因而其初期設立地點對於全台各地智慧財產訴訟之當事人來說應屬便利，計畫中之永久設立地點在林口司法園區，該司法園區目前仍在研議規劃階段。

智慧財產法院地理位置圖

（二）法院組織
智慧財產法院之組織與普通法院類似，較為特殊的是目前具有約十五名（含法官兼院長一名）受過智慧財產案件實務課程及實務審理訓練之資深法官，目前共分為四庭來進行智慧財產案件之審理。
此外，智慧財產法院更有針對智慧財產案件特性所增設之技術審查官，目前共有十三名，其中十二名係從智慧財產局中，對於訴訟程序及智慧財產案件較為熟稔資深審查委員中選派借調為智慧財產法院之技術審查官，另有一名為法院視案件所涉技術類別需要特別對外甄選具有技術專業及智慧財產專業之資深人員，技術審查官主要負責協助法院進行案件審理，依據「智慧財產案件審理法」第4條，法院得命技術審查官執行下列職務：
1.	為使訴訟關係明確，就事實上及法律上之事項，基於專業知識對當事人說明或發問。
2.	對證人或鑑定人為直接發問。
3.	就本案向法官為意見之陳述。
4.	於證據保全時協助調查證據。
但須特別注意的是，技術審查官就本案向法官所為之言詞或書面陳述，性質上屬諮詢之意見，法院如欲採為審判之基礎，仍應依據智慧財產案件審理法第8條第1項之規定：「法院已知之特殊專業知識，應予當事人有辯論之機會，始得採為裁判之基礎。」給予當事人有辯論之機會，以求案件審理之公允與正確。
（三）受理案件
依據「智慧財產法院組織法」第3條規定，智慧財產法院掌理關於智慧財產之民事訴訟、刑事訴訟及行政訴訟之審判事務，其管轄範圍如下：
1.	民事訴訟事件（參智慧財產法院組織法第3條第1款）
亦即依專利法、商標法、著作權法、光碟管理條例、營業秘密法、積體電路電路布局保護法、植物品種及種苗法或公平交易法所保護之智慧財產權益所生之第一審及第二審民事訴訟事件。
具體言之，依據智慧財產案件審理細則（以下簡稱「審理細則」）第2條所載，智慧財產民事訴訟事件，係依智慧財產法院組織法第3條第1款、第4款及審理法第7條規定，其範圍為：
一、智慧財產權權利歸屬或其申請權歸屬及其報酬爭議事件。
二、契約爭議事件。
（一）智慧財產權授權契約事件。
（二）智慧財產權讓與、設質、信託、同意註冊、申請權讓與及其他契約爭議事件。
三、侵權爭議事件。
（一）侵害智慧財產權有關財產權爭議事件。
（二）侵害智慧財產權有關人格權爭議事件。
四、使用智慧財產權所生補償金、權利金爭議事件。
五、公平交易法有關智慧財產權益保護事件。
六、智慧財產權保全證據及保全程序事件。
七、其他依法律規定或經司法院指定由智慧財產法院管轄之事件（參後述指定管轄案件）。
2.	刑事訴訟案件（參智慧財產法院組織法第3條第2款）
亦即因刑法第253條至第255條、第317條、第318條之罪或違反商標法、著作權法、公平交易法第35條第1項關於第20條第1項及第36條關於第19條第5款案件，不服地方法院依通常、簡式審判或協商程序所為之第一審裁判而上訴或抗告之刑事案件，但少年刑事案件除外。另參酌審理細則第3條所載，智慧財產刑事訴訟案件係包含前開案件及其附帶民事訴訟案件，以及其他依法律或經司法院指定由智慧財產法院管轄之案件及其附帶民事訴訟案件。
3.	行政訴訟事件（參智慧財產法院組織法第3條第3款）
亦即因專利法、商標法、著作權法、光碟管理條例、積體電路電路布局保護法、植物品種及種苗法或公平交易法涉及智慧財產權所生之第一審行政訴訟事件及強制執行事件。
具體言之，依據審理細則第4條所載，智慧財產行政訴訟事件，係依智慧財產法院組織法第3條第3款、第4款及審理法第31條第1項第1款之規定，其訴訟標的以專利法、商標法、著作權法、光碟管理條例、積體電路電路布局保護法、植物品種及種苗法或公平交易法有關智慧財產權之規定為內容，其範圍為：
一、對於專責機關有關專利、商標、積體電路電路布局、品種及製版申請之駁回行政處分，所提起之行政訴訟事件。
二、對於專責機關有關專利權、商標權、積體電路電路布局權及品種權之撤銷或廢止行政處分，所提起之行政訴訟事件。
三、對於專責機關有關智慧財產申請權之行政處分，或其他智慧財產權利登記申請之行政處分，所提起之行政訴訟事件。
四、對於專責機關有關智慧財產權強制許可利用之行政處分，所提起之行政訴訟事件。
五、對於海關直接依據智慧財產法令查扣侵害智慧財產權標的物之行政處分，所提起之行政訴訟事件。
六、對於專責機關依智慧財產法令所為獎勵、管制之行政處分，所提起之行政訴訟事件。
七、代替第1款至第6款之行政處分而訂定行政契約。
八、本法所定其他公法上法律關係所生之撤銷訴訟、給付訴訟或確認訴訟事件。
九、涉及違反公平交易法仿冒智慧財產權標的為不公平競爭，所生之公法上爭議事件。
十、上述第1款至第9款之公法上爭議之聲請停止執行事件、證據保全及保全程序事件。
十一、其他依法律規定或經司法院指定由智慧財產法院管轄之事件（參後述指定管轄案件）。
此外，一行為違反智慧財產法律及其他行政法上義務規定而均應處罰鍰者，其智慧財產法律所定之罰鍰額度較高時，為智慧財產行政訴訟事件；其另有沒入或其他行政罰之處罰者，除其處罰之種類相同，經從一重之非智慧財產法律處罰者外，亦為智慧財產行政訴訟事件。
4.	指定管轄案件
亦即其他依法律規定或經司法院指定由智慧財產法院管轄之案件，目前於2008年4月24日經司法院之院台廳行一字第0970009021號「司法院指定智慧財產法院管轄事件令」，所指定下列訴訟事件由智慧財產法院管轄：
民事訴訟事件部分：
(1)不當行使智慧財產權權利所生損害賠償爭議事件。
(2)當事人以一訴主張單一或數項訴訟標的，其中主要部分涉及智慧財產權，如係基於同一原因事實不宜割裂者，均為智慧財產法院管轄之智慧財產權訴訟。
行政訴訟事件部分：
(1)不當行使智慧財產權妨礙公平競爭所生行政訴訟事件。
(2)海關依海關緝私條例第39條之1規定，對報運貨物進出口行為人侵害智慧財產權標的物之行政處分，所提起之行政訴訟事件。
另請特別注意，智慧財產法院之管轄屬於優先管轄，而非專屬管轄。換言之，並不排除當事人可以約定將智慧財產權糾紛由特定普通法院管轄之情形，因而，如當事人有於契約中特別約定該智慧財產權之糾紛由特定普通法院管轄，則一旦糾紛產生，當事人仍得向該已約定之普通法院提起訴訟。
（四）審判體系
智慧財產法院所審理的案件包含有智慧財產權訴訟之民事訴訟、刑事訴訟及行政訴訟，此一三合一於同一法院之訴訟制度，係一全球首創之新制度，然而各訴訟程序之審判體系仍有其本質上之差異，可簡述及圖示如後：
1.	關於民事訴訟
智慧財產法院審理的民事訴訟事件有，因相關智慧財產法所生的第一審民事訴訟事件，以及不服第一審民事訴訟判決而上訴第二審之民事訴訟事件，此部分即智慧財產權訴訟與普通案件民事訴訟於制度上較不相同的部分。
其中一審民事訴訟由法官一人獨任審判（智慧財產案件審理法第19條第1項），且不再分為小額、簡易或通常訴訟程序，一律適用通常訴訟程序。對於不服第一審民事判決之第二審民事訴訟之審判或是抗告，則以法官三人組成合議庭的方式審理（智慧財產案件審理法第19條第2項）。
於現階段如應向智慧財產法院起訴之事件，當事人仍向普通法院提起，普通法院將會裁定移送該案件至智慧財產法院審理。同樣的，如當事人間智慧財產權糾紛約定由普通法院管轄，但卻誤向智慧財產法院起訴，智慧財產法院亦會將案件裁定移送至約定管轄之普通法院審理。
至於不服智慧財產法院所為第二審民事判決之上訴，則係回歸最高法院審理，此部分與普通案件民事訴訟之規定相同。
2.	關於刑事訴訟
由於刑事訴訟之第一審涉及大量檢察官偵查、證據搜索、扣押及調查等隱密中進行之事項，基於就近由各地方法院檢察署進行偵查，而偵查、審判具有對應性，故各地方法院檢察署所為之偵查行為應對應於各地方法院之審判，故依據人力配置與事務分配，智慧財產權所生之刑事訴訟第一審審判業務，仍劃歸由各地方法院審理。
因此，智慧財產法院審理之刑事訴訟，僅包含不服各地方法院對刑法、商標法、著作權法或公平交易法關於智慧財產權益保護而上訴第二審之刑事訴訟案件。
至於不服智慧財產法院所為第二審刑事判決之上訴，則係回歸最高法院審理，此部分與普通案件刑事訴訟之規定相同。
3.	關於行政訴訟
關於智慧財產法院所審理之行政訴訟，主要是針對不服經濟部訴願委員會作成之訴願決定所提其行政訴訟之事實審（即第一審），該行政訴訟事實審審判業務以往係由台北高等行政法院所管轄，依據新的規定，將移轉由智慧財產法院管轄。
至於不服智慧財產法院所為第一審行政判決之上訴，則係回歸最高行政法院審理，此部分與普通案件行政訴訟之規定相同。

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