第一部分：導論
本部分首先簡略地回顧了現代科學的成就與現狀，通過一系列的事實來說明現代科學的確存在著很大的局限性，從而在第二節明確了建立全新的未來科學體系的必要性。接著，第三到第五節主要介紹本書內容和結構上的基本思路，第六、七兩節闡述了建立思維科學理論體系的重要意義與必然性，最後一節概括了在閱讀本書時必須注意的六個特點。
第一節：現代科學的成就與現狀
自1543年波蘭天文學家尼古拉．哥白尼（Nicolaus Copernicus, 1473~1543）在《天體運行論》中提出「日心說」，導致近代自然科學的誕生[1]以來，人類科學已經走過了近500年的光輝歷程。在這期間，日心說經過布魯諾（Giordano Bruno, 1548~1600，義大利思想家、自然科學家、哲學家和文學家）、第谷（Tycho Brahe, 1546~1601，丹麥天文學家）、開普勒（Johannes Kepler, 1571~1630，德國天文學家）、伽利略（Galileo Galilei, 1564~1642；義大利物理學家、天文學家和哲學家，近代實驗科學的先驅）等人近150年的發展，到英國物理學家艾薩克 ．牛頓（Isaac Newton, 1643~1727）集其大成，並在1687年發表的《自然哲學的數學原理》中系統地闡述了物體運動的三大定律和萬有引力定律，成為近代自然科學體系完全確立的標誌[1]。此後，自然科學又歷經了200多年的大發展，到1900年德國物理學家馬克斯．普朗克（Max Planck, 1858~1947）提出「量子論」、1905年德國物理學家阿爾伯特．愛因斯坦（Albert Einstein, 1879~1955）提出「相對論」，從而使人類認識的眼界實現了從宏觀科學到微觀理論的歷史性大跨越。而自然科學的迅猛發展，又有力地推動了其他各領域的快速進步，目前已形成了由自然科學、人體與生命科學、社會科學和人文科學四大分支組成的龐大的現代科學體系，並且每一分支科學又包含了成千上萬的小學科。
毫無疑問，現代科學的建立與運用，極大地加快、加深了人們對自然界和自身的認識；相應地，人類認識、改造周圍世界和自身的手段也發生了翻天覆地的變化。尤其是近百十年來，現代科學的飛速發展更是使人類的文明邁進了一個輝煌的時代：人們已經對構成自然界的100多種元素有了較為深入的認識，對地球上各種生物的種類和特點也有比較詳盡的了解；2001年人類基因組草圖的公布，更是使人們對自身結構和功能的認識發生了質的飛躍；電視、電話、電腦等電器的大量普及，已經使人們在一瞬間就能了解到發生在地球上任何一個角落裡的事情；衛星上天，原子能的開發和利用、材料與建築等學科的飛速進步，都極大地方便了人們的生活。不僅如此，現代科學技術的具體應用還使人類的生產水平得以空前的提高，人們應對各種疾病和自然災害的能力全面增強，人均壽命顯著延長，人類在生活質量等多方面均有了大幅的改善。這些事實無不說明了現代科學在促進人類進步的各個方面都取得了前所未有的輝煌成就。
然而，這些輝煌的成就，是否就說明了現代科學的理論基礎和思維方式就一定十分的完美無缺，從而無懈可擊呢？現代科學是否就已經完全掌握了自然界與生命科學中的客觀真理、代表了人類認識的全部和最高水平呢？我們必須注意到這樣的一些事實：以現代科學的理論、技術和方法為基礎的現代醫學，至今仍然不能圓滿地解釋任何一種疾病的發生機理；即使是相對簡單的消化性潰瘍病，現代醫學至今仍然不能明確其真正的病因，更不能清楚地解釋其絕大部分的現象和特徵；而許多類似癌症、愛滋病這樣更為複雜的疾病，在現代醫學看來仍然都是不治之症。此外，還有很多像「生物進化」、古埃及金字塔裡的「木乃伊千年不腐」、中國西藏的「伏藏之迷[2]」那樣廣為人知、千真萬確的現象，卻又是目前公認的未解之謎。這一切都說明了現代科學還遠遠未能窮盡自然界、人體和生命的奧秘，它對周圍世界的認識的確還是很有限的，並因此而導致現代科學一直都無法有效地解決無數類似蛋白質結晶、多基因調控、深空探測這樣的難題。所有這些都說明了人類科學還有著極為廣闊的未來發展空間。
現代科學的發展給人類帶來了現代文明。然而，現代文明的多個方面仍然存在著十分明顯的缺陷：唯物論與唯心論的爭論至今無休無止；宗教與科學之間仍然存在著一定程度的對抗；哲學探討與科學研究之間的對立也是很明顯的；現代科學理論也一直都無法消除東西方文化、中西醫學之間的顯著差異；現代科學的許多研究結果（如認為消化性潰瘍是傳染病）與人們在日常生活中的主觀感受和經驗（認為消化性潰瘍是家庭、社會事件引起的）完全脫節。德國哲學家艾德蒙頓．胡塞爾（Edmund Husserl, 1859~1938）認為：在現代西方社會中，科學技術的發展固然滿足了人們的物質需求，但是卻把人「物化」了，造成了精神空虛、道德淪喪[3]；更有甚者，原子能的開發與利用，並不是使我們賴以生存的世界更加安全、繁榮了，而是使整個人類社會籠罩在被滅絕的恐怖陰影之中。由此可見，現代文明還僅僅是物質文明，沒有做到與精神文明建設的同步進行，並因此而導致了戰爭、經濟危機、環境污染等一系列嚴重影響人類生存與發展的社會問題和生態災難。這些都說明了在現代科學指導下的現代文明並不是十分的完美無缺，在諸多的方面的確還有待進一步的發展和完善。
第二節：建立一個全新未來科學體系的必要性
上述人類科學和文明發展的現狀表明：以現代科學的理論、技術和方法為基礎的現代醫學和生命科學，實際上還沒有真正踏入人體和生命科學的大門；現代科學尚不能真正有效地解決擺在人們面前的各項難題，它所提供的各項認識還有待進一步的擴展和深化。然而，人類科學的未來發展，是繼續沿著現代科學的老路走下去，還是從根本上拋棄現代科學的理論基礎和思維方式，另闢新途呢？
為了圓滿地回答這個問題，本書第二部分提出了一個全新的理論—黏膜下結節論，首次圓滿地解釋了消化性潰瘍（包括胃潰瘍和十二指腸潰瘍）所有十五個主要的特徵和當前文獻中所能收集到的全部72種不同的現象（索引1），其中絕大部分的特徵和現象都是現代科學從來都未曾很好地解釋過的，如：胃潰瘍與胃酸分泌的關係，胃潰瘍的形態學，反覆發作和多發的特性，好發部位，年齡段分組現象（Birth-cohort Phenomenon）[4]等等。不僅如此，黏膜下結節論還十分清楚地解釋了幽門螺旋桿菌與消化性潰瘍相關的所有32種現象，並一針見血地指出：目前科學上認為的消化性潰瘍的主要病因—幽門螺旋桿菌，僅僅在該疾病發生發展的後期才起到一定程度上的次要作用；因而代表了現代科學的最高水平、獲得2005年諾貝爾生理與醫學獎的研究結論「幽門螺旋桿菌與消化性潰瘍有因果關係[5]」有可能是完全錯誤的。不僅如此，黏膜下結節論還可以清楚地解釋為什麼「雖然胃潰瘍和十二指腸潰瘍有很多的共同點，但是卻被認為是兩種不同的疾病[6, 7]」，並將歷史上關於消化性潰瘍發生機理的所有主要學說有機地統一起來，清楚地指出了現代科學史上所有的這些相關學說都只是考慮了該疾病多個特徵和現象中的某幾個方面，因而都在擁有部分正確性的同時卻包含著一定程度上的謬誤。非常有趣的是，只要將黏膜下結節論的核心思想略作修改，還可以初步圓滿地解釋其他多種疾病的發生機理。這些前所未有的諸多優點，無不證明了黏膜下結節論的提出的確有可能是科學理論上一大新的突破，它在解釋消化性潰瘍的發病機理時的有效性，的確不是以現代科學為基礎的任何學說所能比擬的。
但遺憾的是，黏膜下結節論並不是以現代科學的理論、觀念和思維方式為基礎的；正相反，它在很多個方面（索引2、索引3）都走上了與現代科學完全相反的道路，所以才圓滿地解釋了消化性潰瘍的發生機理。例如：多數（現代）科學家都不自覺地懷抱一種樸素的唯物主義[8]；一個典型的現代科學家通常會認為唯心論、宗教和中醫學是不科學的，並認為古人對自然界和人體的認識深度是一定不如現代人的；而黏膜下結節論則充分地借鑒了唯心論、宗教和中醫學乃至古代文明的部分認識。現代科學將人體看成是一個由原子、分子構成的物質堆，現代醫學也的確總是以人體的物質結構為根本出發點來查找各種疾病發生的原因；而黏膜下結節論則認為人體自然、社會、整體、歷史和情感等抽象的屬性才是導致各種疾病的根本原因。在現代科學的知識體系中，哲學探討和科學研究是分家的，大部分科學家唾棄哲學達100多年之久[8]，現代科學所走的也的確是實證主義的研究路線[9]，人們普遍只重視實驗研究，而基本忽略了哲學思辨在科學研究中的指導性作用；而黏膜下結節論則是在15條哲學原理的基礎上發展起來的。現代科學主要採用還原論分割研究的方法，而黏膜下結節論則十分強調整體觀綜合指導對科學探索的重要性。不僅如此，黏膜下結節論還認為生命科學領域中的因果關係遠比現代科學家們想像的（生命現象最終都可以用物理和化學理論來解釋[9]）要複雜得多，因而只有採用全新的、多維的思維方式，才能圓滿地解釋各種人體疾病和生命現象的發生機理。
由此可見，黏膜下結節論的成功說明了現代科學不能窮盡自然界、人體和生命的奧秘、不能行之有效地解釋多種自然現象的根本原因，與其哲學基礎—唯物主義的一元論密切相關：它將人類科學的視野局限在具體的物質領域，從而忽視了唯心論、宗教、中醫學和古代文明的部分認識也帶有一定的科學性，也就談不上從中吸取有益於自身發展的營養了。唯物主義一元論的哲學基礎還決定了現代科學僅僅是物質科學、具體科學、現象科學，遠遠沒有真實而全面地反映出周圍世界、人體和生命的全貌，並因此而導致了它對周圍世界和人體的基本看法、科學研究的基本路線、手段和方法、思維方式等都與真實情況並不十分吻合，為數眾多的方面（索引5）都有待進一步的補充和完善；而建立在現代科學基礎上的許多觀念也存在著一定程度上的偏差。這些都說明了只有從根本上拋棄現代科學的哲學基礎、思維方式、絕大部分的理論和認識等，才能有效地解決擺在人們面前的各項難題。
因此，黏膜下結節論的成功清楚地說明了人類科學的未來發展不能繼續沿著現代科學的老路走下去，而是必須建立一個全新的思想體系。只有這樣，人類的科學才能發生新一輪質的飛躍，並再一次拓寬和加深人類認識的視野。有鑒於此，我們在本書的第四部分提出了建立一個全新的思想體系—思維科學的倡議；而這一全新的未來科學體系，也必然是以克服現代科學多方面的局限性、有效地擺脫當前的現代科學正面臨的各種困境為根本目標的。
第三節：第二部分首次實現了現代科學與未來科學的直接對話
既然思維科學是全新的未來科學體系，那麼，它必須能夠解決現代科學所面臨的絕大部分難題，並且擁有現代科學無可比擬的諸多優點。本書第二部分提出的「黏膜下結節論」，正是這一全新的未來科學體系在實踐中首次應用的結果。我們正是通過圓滿地解釋消化性潰瘍的發生機理，來舉例說明思維科學的理論體系在應用上的有效性，在認識上的全面性、廣大性和深入性，的確都不是現代科學所能比擬的；消化性潰瘍也因此而成為人類歷史上首個得到了圓滿解釋的疾病。這裡要強調的是：本書建立的理論體系並不是僅僅適用於消化性潰瘍病，而是可以廣泛地應用於所有人體疾病與生命現象的解釋之中的；消化性潰瘍病僅僅是這一全新理論體系在實踐中的一個具體應用而已。然而，人體疾病、各種自然和生命現象的種類有千千萬萬，本書為什麼要選擇消化性潰瘍的發生機理來進行解釋呢？這主要是由以下五個方面的原因決定的：
第一，消化性潰瘍的發生機理，遠比癌症、愛滋病以及各種慢性病簡單，同時它在人群中的發生率也很高，達到了10％以上，是典型的常見多發病。對相對簡單的問題的深入探討，可以比較容易地反映出現代科學的根本問題。歷史上，牛頓在醞釀「萬有引力定律」時，首先並不是直接利用這一定律來解釋那些複雜的問題，而是先選擇簡簡單單、一般人都可以看得到的「蘋果落地」來進行解釋，然後再推廣應用於「地月關係」、「潮汐漲落」等這樣一些相對複雜的現象。很明顯，牛頓通過簡單、常見的「蘋果落地」現象，來揭示非生命界裡的萬事萬物都共有的「萬有引力」這一抽象本質；然後再利用這一抽象本質來解釋多種複雜的自然現象。本書也採用了基本相同的思路：先通過簡單而常見的消化性潰瘍病來揭示人體和生命固有、卻遭到現代科學忽略的抽象本質，然後再利用這一抽象本質來解釋癌症、愛滋病、各種慢性病以及其他各種高度複雜的人體和生命現象。不過，人體和生命現象高度複雜的基本特點，決定了揭示人體和生命科學領域中的抽象本質，的確要比當年牛頓揭示物理學領域中的抽象本質難得多；相應地，圓滿地解釋消化性潰瘍的發生機理的難度，至少也是圓滿地解釋「蘋果落地」難度的萬倍以上：「蘋果落地」的發生機理所涉及到的是「單因單果」，牛頓只需要考慮一個原因（萬有引力）、一個結果（蘋果落地）、解釋一種現象就可以了；而「消化性潰瘍」的發生機理則涉及到了千變萬化的致病因素，並且這些因素還會隨著時間的推移而不斷地變化發展；黏膜下結節論還必須同時圓滿解釋全部72種不同的現象，相互之間沒有任何的矛盾，才算是獲得了成功。
第二，現代科學對消化性潰瘍的研究已有上百年的歷史，從而積累了豐富的流行病學、臨床觀察以及實驗室資料。這些零散的研究結果歸納起來基本上能反映出該疾病的全貌，目前已經取得的科研成果也基本上能夠直接證明黏膜下結節論所提出的發生機理是正確的。更重要的是：歷史上關於消化性潰瘍病的十多個學說，包括當前的研究熱點「幽門螺旋桿菌」在內，可以清楚地反映出現代科學的理論根基和思維方式等多方面的特點，便於與未來科學進行充分的比較，從而十分有助於勾劃出人類未來科學理論的基本輪廓，進而為將來成功地解釋更為複雜的癌症、愛滋病、各種慢性病奠定理論上的基礎。此外，基於完全不同於現代科學的基礎理論和思維方式，首次圓滿地解釋了一種常見多發病的發生機理，很容易就能體現出建立全新的未來科學體系的必要性。
第三，消化性潰瘍與社會因素、思維意識和情感的關係比其他多數疾病更加明顯，非常直接地反映了未來科學對人體的基本看法是完全不同於現代科學的。現代科學所認識到的僅僅是「物質人體」，而思維科學則強調必須將每一個活生生的個體，都看成是一個社會的、自然的和有情感的人，看成是一個歷史的、整體的、與周圍世界有著複雜的普遍聯繫和不斷變化發展的人，也就是除了要考慮人體的物質結構以外，還非常重視人體社會和情感等抽象的屬性。只有在這一全新認識的指引下，才能清楚地闡明消化性潰瘍的發生機理，才能圓滿地解釋這一疾病所表現出來的所有特徵和現象。例如：雖然Mervyn Susser等人早在1962年就已經報導了消化性潰瘍發生的流行特點—年齡段分組現象[4]，並且這一現象實際上還是很多種不同的人體疾病所共有的流行病學特點，但是過去近50年來人們一直都未能圓滿地解釋這一現象；這正是現代科學忽略人體的社會和情感等抽象屬性所導致的必然結果。而黏膜下結節論十分強調人體抽象的屬性在消化性潰瘍病發生發展過程中的決定性作用，因而它輕而易舉、簡簡單單地解釋了這一現象。僅此一點就足以說明：現代科學還沒有認識到、不具備或不太重視的某些人體的固有屬性，都是我們在研究各種人體疾病和生命現象時都必須考慮的重要因素；現代科學的理論體系和技術方法等等，的確還遠遠未能真實而全面地反映出人體和生命、社會和自然等的部分重要特徵。實際上，現代科學在忽略人體抽象的「普遍聯繫」的情況下來探討各種疾病和生命現象的發生機理，就好像牛頓時代以前的人們在忽略抽象的「萬有引力」的情況下來探討「蘋果落地」的發生機理一樣，是永遠也不可能取得成功的；而圓滿地解釋「年齡段分組現象」的理論和實踐意義，完全有可能比牛頓圓滿地解釋「蘋果落地現象」的理論和實踐意義還要大得多。
第四，諾貝爾獎代表了現代科學的最高水平；但獲得2005年諾貝爾生理和醫學獎的現代科學理論卻根本就不能闡明消化性潰瘍病的發生機理，更談不上清楚地解釋該疾病所表現出來的絕大部分現象。與此相反的是：在本書提出的、與現代科學的基礎理論有著本質上的不同的全新哲學體系和思維方式基礎上發展出來的發病機理—黏膜下結節論卻完美地解釋了這一疾病的所有15個主要特徵和全部72種不同的現象。更能說明問題的是：在這些新思想、新理論的指引下，獲得2005年諾貝爾獎的「幽門螺旋桿菌與消化性潰瘍有因果關係[5]」這一論斷中所存在的謬誤卻是顯而易見的；黏膜下結節論還輕而易舉地解釋了幽門螺旋桿菌在消化性潰瘍的發生發展過程中表現出來的所有32種現象（索引1）。這些都反襯了本書提出的思想體系、思維方式和基本觀念的有效性和超前性，同時還說明了建立全新未來科學體系的必要性，從而引領人類科學邁向一個全新的時代。
第五，更重要的是，通過探討消化性潰瘍的發生機理，還可以直接實現現代科學與未來科學的首次對話。黏膜下結節論在解釋消化性潰瘍的發生機理時的成功，清楚地說明了本書建立的全新未來科學體系對自然界、人體和生命的認識的確要比現代科學更深入更全面，在解釋各種疾病和現象時的有效性也不是現代科學所能比的。通過探討消化性潰瘍病的發生機理，本書深刻地揭示了現代科學哲學根基上的致命缺陷，及其思維方式與人體和生命高度複雜的特點並不是十分的吻合，因此而導致了它對各種自然和社會、人體和生命現象的基本認識都有可能是不完整，甚至是完全錯誤的。因而現代科學在解釋各種人體疾病、生命現象和自然之謎時面臨難以克服的困難是必然的。不僅如此，黏膜下結節論的成功還表明一旦人們的思想突破了現代科學的哲學根基—唯物主義一元論的局限，將本書提出的物質與意識相統一的「新二元論」作為探索各種問題的新起點，當前人們所面臨的絕大多數難題都有可能迎刃而解。這就通過實踐具體地說明了人類科學的未來發展必須拋棄現代科學的哲學根基、思維方式、部分觀念和認識，並建立一個完全不同於現代科學的全新思想體系，才能進一步地拓展和深化人類認識的視野，再一次大幅提高人類的生活質量。
由此可見，通過探討消化性潰瘍的發生機理，本書清楚地說明了現代科學的思想體系的確是存在著根本缺陷的，並充分地反映了建立全新的科學體系這一不可阻擋的未來趨勢；而黏膜下結節論成功地解釋了消化性潰瘍的發生機理，就好像300多年前牛頓成功地解釋了「蘋果落地」一樣，直接標誌著人類科學一個舊時代的結束，和一個嶄新時代的開始。因此，當前科學發展的現狀和其他多方面的原因，都決定了人類新的科學革命完全可以選擇從探討消化性潰瘍的發生機理開始。
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